L’Office de l’auditeur en chef est responsable, tant du point de vue administratif que de celui de l’organisation, du fonctionnement correct de la Justice militaire. Il assure son service de prestations et crée les conditions nécessaires pour que les autorités pénales militaires et les tribunaux militaires puissent remplir leur mandat légal de manière compétente. L'indépendance des autorités de poursuite pénale de la Justice militaire est garantie à tous points de vue selon l'art. 1 PPM, aussi bien par rapport à la direction du département, à l'administration et au commandement de l’armée.

L’auditeur en chef, par sa fonction de plus haut procureur en matière pénale militaire, ordonne, pour autant que le commandant d’unité n’est pas compétent, les procédures pénales qui relèvent de la Justice militaire et surveille leur bon déroulement. Dans le cadre des dispositions légales, il assure les droits et les devoirs relatifs aux procédures pénales qui lui reviennent, comme, par exemple, l’introduction de certaines voies de recours.