Già nel quattordicesimo secolo, quando la vecchia Confederazione combatteva contro eserciti stranieri, il popolo e le autorità si resero conto che per garantire la disciplina sul campo di battaglia erano necessari un severo ordinamento disciplinare militare e un'adeguata procedura penale militare. Nell'anno 1393 fu redatta la Convenzione di Sempach; il più antico ordinamento federale in materia di disciplina militare.

Più tardi la preoccupazione di veder garantiti i propri diritti relegò in secondo piano le considerazioni relative alla disciplina. Nel diciassettesimo secolo entrò in vigore un apposito ordinamento penale concernente i mercenari al servizio di eserciti stranieri. Vi si stabiliva che i mercenari non erano sottoposti al potere punitivo del comandante dell'esercito straniero, bensì a quello dei propri capitani. Dovevano dunque render conto a giudici propri, in base ad un codice penale proprio, e non a giudici stranieri, conformemente a quanto già stabilito nell'articolo VIII della lettera allegata all'alleanza militare del 1663 tra i Confederati e Luigi XIV: la giustizia deve essere amministrata da giudici della propria Patria e da nessun altro" ("und soll die Justizien verwaltet werden durch die Richter der Nation und keinen andern"). La Dieta ha sempre difeso con fermezza questo principio allorché tribunali o comandanti stranieri vollero sottoporre alla propria giurisdizione penale le truppe di mercenari svizzeri.

Anche nel secolo scorso regnava un secco rifiuto di: "giudici stranieri". Oltre alle truppe federali, esistevano ancora delle truppe cantonali sottoposte alla giurisdizione penale dei tribunali di guerra dei rispettivi Cantoni. A seguito alla centralizzazione dell'esercito, statuita dalla Costituzione federale del 1874, dopo una lunga serie di bozze intermedie fu emanata il 28 giugno 1889 la: "Legge federale sull'organizzazione giudiziaria e procedura penale per l'armata federale". Con la stessa s'unificavano, in un nuovo diritto militare federale, tutte le norme giuridiche definite dai singoli Cantoni per le rispettive truppe.

Soprattutto durante la prima guerra mondiale, la Svizzera dovette constatare di non disporre ancora di un moderno diritto penale materiale. La giurisprudenza d'ollora era scarsa e mancava d'unità. Il 13 giugno 1927 fu emanato il Codice penale militare (CPM), ancora in vigore oggi (ovviamente dopo molteplici revisioni parziali), come il nuovo Codice penale ordinario del 1937. Inoltre, dal 1979 la giustizia militare dispone d'una moderna procedura penale militare. In tal modo è garantito, a ragione, che i militari sono giudicati, come in passato, da propri tribunali.