Das Oberauditorat trägt die Verantwortung in administrativer und organisatorischer Hinsicht für eine pflichtgemässe Aufgabenerfüllung der Militärjustiz. Es ist deren Dienstleistungsbetrieb und schafft die Voraussetzungen, dass die sowohl, gemäss Artikel 1 MStP, von der Departementsleitung und der Verwaltung als auch von der Armeeführung in jeder Hinsicht unabhängigen militärischen Strafverfolgungsbehörden und Militärgerichte aller Instanzen ihren gesetzlichen Auftrag kompetent erfüllen können.

Der Oberauditor, sofern nicht der Truppenkommandant zuständig ist, ordnet in seiner Funktion als oberster Ankläger in Militärstrafsachen der Militärjustiz zugeordnete Strafverfahren an und überwacht deren ordnungsgemässe Abwicklung und Erledigung. Im Rahmen der gesetzlichen Bestimmungen nimmt er die ihm überbundenen strafprozessualen Rechte und Pflichten wahr, wie beispielsweise die Einlegung von gewissen Rechtsmitteln.