Bereits im 14. Jahrhundert, als sich die alte Eidgenossenschaft mit fremden Heeren mass, erkannten Volk und Obrigkeit, dass eine straffe Kriegsordnung und ein knappes militärisches Strafverfahren unerlässlich sind, um die "Mannszucht" im Feld zu erhalten. Die älteste eidgenössische Kriegsordnung stammt denn auch aus dem Jahre 1393 - der Sempacher Brief.

Später stand nicht mehr die "Mannszucht", sondern das "eigene Recht" im Vordergrund. Im 17. Jahrhundert galt entsprechend eine besondere Strafordnung für die sogenannten Reisläufer, d.h. Truppen in fremden Diensten. Sie unterstanden nicht der Strafgewalt des Kriegsherrn, sondern derjenigen ihrer eigenen Hauptleute, also nicht fremden, sondern eigenen Richtern und eigenem Recht. So bestimmte schon Art. VIII des Beibriefes zum Militärbündnis der Eidgenossen mit Ludwig XIV von 1663: "...und soll die Justizien verwaltet werden durch die Richter der Nation und keinen andern." Mit einer achtunggebietenden Festigkeit setzte sich die Tagsatzung immer wieder für dieses Prinzip ein, wenn fremde Gerichte oder Befehlshaber sich die Strafgerichtsbarkeit über schweizerische Söldnertruppen anmassen wollten.

Auch im letzten Jahrhundert wollte man keine "fremden Richter". Neben den eidgenössischen gab es zunächst noch kantonale Truppen, die der Strafgewalt ihrer eigenen kantonalen Kriegsgerichten unterstanden. Im Zuge der Zentralisation des Heerwesens in der Bundesverfassung von 1874 folgte aber nach mehreren Entwürfen am 28. Juni 1889 das Bundesgesetz über die Militärstrafgerichtsordnung. Dies war eine Vereinheitlichung aller kantonalen Truppenrechte zu einem eidgenössischen Heeresrecht.

Insbesondere während der Zeit des Ersten Weltkrieges zeigte sich, dass noch ein modernes materielles Strafrecht fehlte. Die bisherige Gerichtspraxis war spärlich und uneinheitlich. Es folgte das Militärstrafgesetz (MStG) vom 13. Juni 1927, das noch heute - selbstverständlich mehrmals teilrevidiert - neben dem zivilen Strafgesetzbuch von 1937 Gültigkeit hat. Des Weitern verfügt die Militärjustiz seit 1979 über eine moderne eidgenössische Militärstrafprozessordnung. Damit ist - zu recht - sichergestellt, dass die Angehörigen der Armee nach wie vor von ihren eigenen Fachgerichten beurteilt werden.